Le Aziende associate che esercitano lo stesso ramo di attività sono raggruppate in sezioni di categoria, che hanno il compito di tutelare gli interessi settoriali dei soci, di approfondire i problemi specifici del loro settore merceologico e di rappresentarli nell'ambito degli organi statutari e nelle altre componenti del sistema confederale.
Le sezioni attive in seno a Confindustria Siracusa sono:
- Sezione assicurazioni
- Sezione cemento
- Sezione chimica petrolio ed energia
- Sezione ecologia e ambiente
- Sezione indotto difesa
- Sezione installatori
- Sezione metalmeccanici
- Sezione mugnai, pastai e industrie alimentari
- Sezione plastica























