Le Aziende associate che esercitano lo stesso ramo di attività sono raggruppate in sezioni di categoria, che hanno il compito di tutelare gli interessi settoriali dei soci, di approfondire i problemi specifici del loro settore merceologico e di rappresentarli nell'ambito degli organi statutari e nelle altre componenti del sistema confederale.
Le sezioni attive in seno a Confindustria Siracusa sono:
- Sezione Agroalimentare
- Sezione Cemento Calce e Gesso
- Sezione Chimica Petrolio ed Energia
- Sezione Ecologia e Ambiente
- Sezione Economia del mare - Trasporti e Logistica
- Sezione Imprenditori Metalmeccanici ed Installatori
- Sezione Sanità
- Sezione Terziario Innovativo
- Sezione Turismo ed Eventi
